همچنین بی خوابی خود عامل خطر برای هر دو بیماری محسوب می‌شود. تحلیل و تجزیه نتیجه حاصل از چهل و پنج مورد تحقیق در ایتالیا بر روی بیش از ششصد هزار تن نشان می‌دهد، در میان افرادی که در شب کمتر از پنج ساعت می‌خوابند خطر ابتلا به چاقی مفرط پنجاه و پنج درصد افزایش می‌یابد.
همچنین خواب کمتر از شش ساعت در شب احتمال ابتلا به دیابت نوع دوم را بیست و هشت درصد افزایش می‌دهد. طبق این تحقیقات کمبود خواب بین دو تا هفت روز در میان بزرگسالان تنظیم نورو اندوکرین اشتها را مختل می‌کند. در این شرایط میزان لپتین؛ هورمونی که پیام سیر شدن را به مغز می رساند، کاهش می یابد و در مقابل گرلین هورمونی که حس گرسنگی را تحریک می کند، افزایش می‌یابد. به این ترتیب در احساس گرسنگی و سیری فرد تغییراتی ایجاد می شود که منجر به چاقی مفرط خواهد شد.
مطالعات دیگر نشان می‌دهد افرادی که با کمبود خواب رو به رو هستند بیشتر مواد غذایی چرب و شیرین می‌خورند.
از سوی دیگر در مواقع کمبود خواب حساسیت به انسولین و تحمل گلوکز کاهش می‌یابد. این روند در دراز مدت به افزایش خطر ابتلا به دیابت نوع دوم منجر می‌شود.
در مطالعه دیگری نشان داده شده است افراد چاق که رژیم لاغری مشابهی را دبنال می‌کنند اما برخی از آنها در معرض بیخوابی قرار گرفته‌اند نتیجه یکسان داشت. در واقع همه افراد به یک اندازه وزن از دست داده‌اند اما افرادی که در معرض بیخوابی بودند بیشتر حجم ماهیچه ای خود را از دست داده اند.
از سوی دیگر بیخوابی موجب افزایش ترشح کورتیزول به گونه‌ای متفاوت می‌شود. این افزایش مسئول افزایش چاقی احشایی و مقاومت به انسولین است.
با این حال تا کنون در هیچ تحقیقی به طور خاص به ارتباط میان چاقی و بی خوابی مزمن پرداخته نشده است.
